Dentro de la provincia se destacan dos zonas climáticas diferentes, hacia el oeste, las lluvias son pocas, no alcanzan los 300 mm anuales, provocando sequedad. Los veranos son muy cálidos y los inviernos fríos. En la región este, las precipitaciones alcanzan los 500 mm anuales. El clima es más húmedo.

En la región de Merlo, existe un microclima producto de la intensa ionización negativa del aire. Si bien es la más conocida, existen otros parajes que cuentan con microclima, como Nogolí, Quines, EL Durazno y El Trapiche. Es común a los diversos climas y microclimas puntanos, los cielos diáfanos, las noches veraniegas frescas y los inviernos poco rigurosos.