San Juan tiene el clima llamado árido de sierra. Como característica principal se distingue su sequedad ya que el promedio de lluvias no supera los 200 mm anuales. Las precipitaciones se producen en las estaciones cálidas, evaporándose casi inmediatamente el agua caída.

Su cielo es limpio y diáfano. En invierno las temperaturas son moderadas. Es característico de la zona el viento Zonda, propio de las comarcas adyacentes a la cordillera.

Toma su nombre de la quebrada sanjuanina. Una masa de aire marítimo del Pacífico descarga su humedad al otro lado de la cordillera, sobre territorio chileno, en forma de lluvia en las laderas y de nieve en las cumbres. Pasa al otro lado frío y seco, pero al descender hacia las llanuras, el aire se expande y se calienta a razón de 1ºC por cada 100 metros de desnivel. Si en las cumbres el aire está a 0º llega a sus pies alcanzando los 20 a 25º. El viento Zonda se produce principalmente en los meses de invierno.