Las diferencias en clima, hidrografía y vegetación existentes entre el oeste, Puna, y el este, cordillera Oriental y sierras Subandinas, de la Región del Noroeste, se manifiestan también en la fauna, muy abundante en el este y reducida en el oeste. Los animales que viven en la región son:

Mamíferos: coatí, hurón, zorrino real, gato montés, puma, gato andino, tato lince, yaguareté, tapir, pecarí, llama, guanaco, alpaca, vicuña, huemul del norte, corzuela, guazuncho, tapetí, ardilla, pericote, hocicudo, marmota, comadreja, murciélago, vampiro, caraya, caí, perezoso, quirquincho, mataco, mulita, zorro colorado y de monte, osito labrador, chinchilla indiana, cuis serranos entre otros.

Reptiles: ampalagua, culebra, falsa coral, lagartija

Especies exóticas: rata negra, rata alejandrina, conejo de Castilla, laucha, liebre europea, gorrión, canario.