Junín de los Andes surgió como un fuerte de avanzada en la campaña militar contra el indio que se efectuó por iniciativa del Gral. Julio A. Roca en 1879.

En las cercanías de este fuerte se delineo un pueblo cuyos primeros habitantes pertenecieron a los oficiales del ejército.

Fue fundada en 1883 por el Sargento Mayor Miguel Vidal, a orillas del río Chimehuin.

Más adelante, en 1896, se construyó una capilla y el Colegio Salesiano y hacia 1900 la oficina de Correos.

Actualmente, es la capital del departamento Huiliches y posee la infraestructura propia de una ciudad moderna.

Se encuentra a 385 kilómetros al Sudoeste de la ciudad de Neuquén.