Extensos bosques de coihue, lenga, ciprés, arrayán, alerces y araucarias, crecen en terrenos escarpados y márgenes de los lagos y ríos, dando hábitat a una fauna exuberante.

En la región cordillerana, las lluvias que penetran desde el oeste, permite el desarrollo de un bosque denso y espeso que se extiende de norte a sur. El Bosque Valdiviano, se extiende desde el norte de Neuquén hasta los 74º de latitud Sur. Este bosque ostenta la vegetación más abundante y la fauna más rica. Las especies más difundidas son:

Araucaria o Pehuén (Araucaria araucana) crece por encima de los 1.000 metros sobre el nivel del mar, entre el Lago Caviahue y el Lago Lolog, a ambos lados de la cordillera. Su crecimiento es muy lento, y puede alcanzar varios siglos de edad, con alturas de hasta 40 metros. Sus semillas fueron el sustento de los indígenas desde la prehistoria. La madera de pehuén es de excelente calidad, pero su explotación es muy limitada por tratarse de una especie rara y autóctona.

Ciprés (Austrocedrus chilensis) crece entre los 700 y 1500 metros sobre el nivel del mar, formando densos bosques. De lento crecimiento, su madera es muy fácil de trabajar, siendo utilizada en la zona para construcciones regionales, tejas, muebles, etc.

Arrayán (Myrceugnella apiculata) , también llamado quetri, es un árbol de corteza color rojizo, que alcanza unos nueve metros de altura. Sus hojas tienen propiedades medicinales. Los bosques de arrayanes son extremadamente raros, existen solo en esta zona patagónica, en Chile y en Japón.

Alerce (Fitzroya cupressoides) o laguen, en mapuche, es una conífera americana, semejante a la sequoia, se desarrolla a ambos lados de la cordillera, entre Neuquén y Chubut. Los alerces pueden alcanzar entre 50 y 70 metros de altura, y su diámetro es de uno a cuatro metros. El crecimiento anual del diámetro es de solo un milímetro, por lo que un tronco de 1 metro de diámetro tendría 10 siglos de vida. Existen en la Patagonia especies de 2.500 a 3.000 años de edad, ejemplares a lo que se llama "abuelos", y se los considera sagrados por su edad.