La región mesopotámica se caracteriza por el predominio de la llanura, no obstante Misiones está comprendida en una subregión amesetada, que se halla limitada por los ríos Paraná y sus afluentes Iguazú y San Antonio, y el río Uruguay y sus afluentes Pepirí Guazú y el Aguapié. 

El relieve se caracteriza por ser rocoso, duro, compacto y resistente. El color de la roca es rojo intenso y procede de la descomposición de los meláfiros, que son rocas ricas en hierro. Se los llama suelos lateríticos, cubren todo el basamento, excepto los perfiles rocosos y acantilados verticales de las márgenes de los ríos, y están a su vez cubiertos de humus vegetal, cuyas características naturales favorece el desarrollo de la exuberante selva misionera. 

La meseta presenta forma abovedada, su mayor elevación se da en el centro de la provincia, recibiendo el nombre de Serranías del Imán, Misiones y de la Victoria, sierras que dividen en dos secciones a Misiones, siendo el pico culminante el cerro Rincón de 800 metros de altura. Es en el eje central de la meseta donde se originan los numerosos ríos que aportan sus aguas a los ríos Paraná y Uruguay. La meseta asciende gradualmente hacia el Noreste para culminar en las proximidades de la localidad de Bernardo de Irigoyen con 821 metros de altura. El descenso del terreno desde los 520 metros en el centro de la provincia, se detiene junto a los dos grandes ríos en forma de barrancas de 50 a 80 metros de altura. La sierra de la Victoria se encuentra en el norte, tiene orientación Noroeste Sureste, y cuando alcanza el río, forma las cataratas del Iguazú. Sus saltos son de areniscas endurecidas y de mantos basálticos.

Los límites naturales de la Provincia de Misiones son los ríos Paraná, al oeste, Iguazú, al norte, Uruguay al este y el Itaembé, al sur. 
La selva misionera, ubicada en Misiones, Argentina, es parte de la formación vegetal neotropical del bosque atlántico,​ compartido con Brasil y Paraguay. Es la prolongación más meridional de la selva paranaense, que hasta mediados del siglo XX abarcaba gran parte de lo que hoy son los estados brasileños de Paraná, Santa Catarina, el extremo norte de Río Grande Do Sur y el este del Paraguay. La selva misionera se encuentra en el corredor verde de Misiones siendo una de las regiones más biodiversas de la Argentina.

Las cataratas del Iguazú

Su nombre Iguazú, significa Grandes Aguas. Fueron descubiertas por Alvar Núñez Cabeza de Vaca en el viaje que emprendió por tierra desde Santa Catalina (Brasil) hasta Asunción, a fin de hacerse cargo de la gobernación de Paraguay.
El río Iguazú, a unos 23 Km de su desembocadura en el Paraná, se abre en un frente de 2.700 metros y sus aguas se precipitan desde unos 70 metros de altura, en 275 cascadas o saltos. Las aguas caen sobre dos enormes peldaños principales en medio de un continuo ruido atronador perceptible a 15 Km de distancia.
Las Cataratas del Iguazú con 72 metros de caída y 1.750 metros cúbicos de caudal, en épocas de grandes lluvias, las diferentes cataratas se confunden en una sola, de hasta un kilómetro de ancho.