El sacerdote jesuita Roque González de Santa Cruz fundó inicialmente el 25 de marzo de 1615, en el territorio de la actual Posadas, una Reducción con el nombre de Anunciación de Itapúa. Por la falta de pobladores la trasladó posteriormente a la margen derecha del río Paraná, fundando Nuestra Señora de Encarnación en la actual República del Paraguay, aunque un modesto caserío sobrevivió en esta margen del río Paraná.

Con motivo de la Guerra de la Triple Alianza, que enfrentó a la Argentina, Brasil y Uruguay, contra el Paraguay. En esa ocasión el Paraguay invadió nuevamente la zona, pero esta fue recuperada rápidamente, quedando la defensa a cargo de un batallón brasileño.

En 1876, por un tratado de paz entre la Argentina y el Paraguay, este último resignó todas sus pretensiones sobre la zona. Aunque carecía de todo respaldo jurídico, tras la guerra con el Paraguay el poblado fue creciendo en importancia, residiendo en ellas numerosos criollos, comerciantes y exsoldados; mientras la población se extendía desde el puerto hasta el actual casco céntrico.

El 22 de diciembre de 1881 el presidente Julio Argentino Roca sancionó la ley que creó el Territorio Nacional de Misiones, federalizando su territorio, fijando sus límites y designando al pueblo de Corpus como capital. Posadas quedó en ese momento incluida en el territorio de la provincia de Corrientes.

Sin embargo, las dificultades del acceso de Corpus motivaron trasladar su capital a una zona más accesible desde el resto del país. El 30 de julio de 1884, el Congreso Nacional decidió que la ciudad de Posadas fuese cedida por Corrientes a Misiones, y se convirtiera en capital del en ese entonces «territorio nacional».

En 1953, por mandato del presidente Juan Domingo Perón, el territorio de Misiones se provincializó y Posadas pasó a ser capital provincial. Durante la gobernación de Eduardo Reguero hubo una importante reforma en la capital, se realizaron obras relacionadas con la comunicación, como puentes, caminos, ferrocarriles y se comenzó un plan masivo de ensanche y enbellecimiento de las avenidas principales y de la extensión del asfalto a nuevos barrios.

El 11 de febrero de 1957, el papa Pío XII creó la diócesis de Posadas, en un territorio que hasta ese momento dependía de la diócesis de Corrientes. En la década de 1960 comienzan a aparecer barrios de emergencia debido a la crisis en la producción de yerba mate tras los cambios económicos impuestos durante el gobierno de Arturo Frondizi que obligó a miles de campesinos a abandonar sus chacras y trasladarse a la ciudad.