La vegetación misionera se presenta claramente como una formación selvática, muy densa y con especies cuyas diferentes alturas determinan estratos, donde se encuentran plantas trepadoras, epífitas (las que producen su propio alimento y usan como apoyo el tronco de otros árboles) y enredaderas. La selva misionera o monte, de alto régimen pluviométrico, prolonga en nuestro país la selva brasileña que sigue el curso del río Paraná. Presenta más de dos mil especies que crecen como en un enorme invernadero, donde la temperatura y la humedad son elevadas. Desde el suelo hasta la copa de los árboles más altos las especies se van desarrollando según sus posibilidades. En el estrato superior se encuentran los árboles de mayor altura, que pueden llegar hasta los 30 40 metros, y los de menor porte que crecen debajo de los gigantes. En el estrato intermedio se desarrollan los arbustos y en el inferior se extiende un manto de hierbas. Además hay un último estrato formado por musgos, helechos muy pequeños y las hojas que caen de los árboles.

La selva misionera,  es parte de la formación vegetal neotropical del bosque atlántico,​ compartido con Brasil y Paraguay. Es la prolongación más meridional de la selva paranaense, que hasta mediados del siglo XX abarcaba gran parte de lo que hoy son los estados brasileños de Paraná, Santa Catarina, el extremo norte de Río Grande del Sur y el este del Paraguay. La selva misionera se encuentra en el corredor verde de Misiones.​

Misiones y la región de las Flores

Se encuentra ubicada en el corazón de la provincia de Misiones, más precisamente al centro oeste. A unos 100 Km. de las Cataratas del Iguazú. Está conformada por los municipios de Ruíz de Montoya, Capíovi, Puerto Rico, Garuhapé, El Alcazar, Caraguatay y Montecarlo. Cada uno de estos municipios tiene algo diferente para ofrecer; sin embargo, la naturaleza circundante y la paz son cualidades que se repiten a lo largo de la región.

En la Región de las Flores, usted podrá realizar actividades de todo tipo, dentro de las que se incluye el turismo aventura, agroturismo y ecoturismo, entre otras opciones. Cada paraje dentro de la Región de las Flores tiene algo diferente que contar y ofrecer, y podrá así conocer acerca de la cultura, las vivencias y forma de vida de cada uno de sus habitantes.

La flora misionera incluye especies arbóreas de gran altura, que se destacan por poseer troncos rectos de alrededor de un metro de diámetro, que se ramifican a gran altura, en su tercio superior, donde forman copas pequeñas. Son muy apreciados en la industria maderera por la calidad de la madera, entre las que se destacan las siguientes:

• Guatambú Puede superar los 30 metros. Su madera es dura, blanca y pesada.
• Laurel Negro: su madera desprende un olor muy fuerte, que limita su uso en mueblería.
• Peteribí: muy apreciado por su uso en mueblería fina, su madera es liviana, verde pardusca, ligeramente jaspeada.
• Cedro Misionero: de madera de alta calidad, casi ha desaparecido de la selva misionera. Su madera muy valiosa, su tronco alto, derecho y largo fuste le hizo objeto una explotación intensiva. Es de crecimiento rápido, su madera es rosada, fragante, veteada, fácil de trabajar y estacionar.
• Pino Paraná o Pino de Misiones: es un árbol alto, de hasta 50 metros de altura, con fuste maderable de 20 - 25 metros, de corteza pardo rosada, lisa y cuyo follaje solo se halla en el ápice del tronco, en forma de sombrilla abierta. Puede vivir varios siglos.
• Alecrín: sus hojas son perennes y se destaca por poseer una característica muy difundida en la selva amazónica, la de poseer raíces arbotantes, el tronco tiene en su base refuerzos o costillas que se articulan con sus raíces tabulares.
• Timbó o Pacará: también llamado oreja de negro por la forma de su fruto, tiene una altura de hasta 30 metros y su tronco puede alcanzar el grosor de 1,60 metros. Cuando crece en ambientes abiertos se ramifica a corta altura en gruesos brazos divergentes, mostrando una aspecto similar a una gigantesca acacia con forma de paraguas. Sus flores son blancas o rojas.
• Viraró: cuya madera es muy codiciada por la industria forestal.
• Lapacho Negro: por su diámetro u altura es uno de los gigantes de la selva. Su tronco puede medir 1,5 metros de diámetro y 30 metros de altura, a fines del invierno, antes de echar hojas, se cubre de flores quedando su copa convertida en un ramillete rosado que atrae a miles de picaflores.
• Pindó: es una palmera cuyo tronco esbelto y delgado puede tener hasta 20 metros de altura, está coronado por un plumero de hojas largas pinnadas.

Hay especies que tienen otro tipo de aplicaciones, entre las que se encuentran:

• Incienso: cuya corteza exuda una sustancia aromática similar a la mirra, que los jesuitas usaban en los templos en lugar del verdadero incienso. Es un árbol de grandes dimensiones, derecho, con largo fuste, su madera es dura, fragante, suavemente veteada, de gran duración y resistencia, utilizada en la elaboración de terciados.
• María Molle o carne de vaca: contiene resinas aromáticas.
• Espina de Corona: contiene en sus frutos una goma usada en cosmética, farmacia y golosinas.
• Io guapoy: también llamado higuera brava, higuera loca o agarrapalo, pues sus semillas germinan en las grietas de otros árboles desde donde lanza sus raíces al suelo y progresivamente estrangula y asfixia a su soporte, desarrollando su propia copa sobre el tronco anterior.

En el estrato intermedio, se destacan los helechos arborescentes, entre los que se destaca el chachí, que se desarrolla en el sotobosque al amparo de los rayos solares que, en exceso, le resultan perjudiciales. Alcanza una altura de 4 a 5 metros, con un único tronco no ramificado del que se desprende un penacho de grandes hojas de hasta 2 metros de largo, y constituye una reliquia vegetal, ya que recuerda a los grandes helechos extinguidos que constituyeron la vegetación arbórea dominante en el período carbonífero, hace unos 250 millones de años. Su utilización en decoración de interiores como soporte de orquídeas, ha puesto a la especie en serio riesgo. En este estrato se desarrolla la yerba mate , cuyas hojas secas y molidas son utilizadas para hacer una infusión muy popular en Sudamérica.

Por debajo, en un ambiente de penumbra, una multitud de helechos y arbustos integran el estrato arbustivo. Entre ellos se destaca la Ortiga Brava , con hojas de gran tamaño y cuyo contacto es muy urticante.

El sotobosque está dominado en partes por los bambúes, intricados cañaverales que forman cortinas impenetrables de 10 a 15 metros de altura. Se destacan el delgado Tacuarembó , caña maciza de has 1,5 centímetros de diámetro, el frágil tacuapí , la espinosa Yatevó , y el gigante de la familia, el Tacuaruzú , que crece como mata de gran densidad, con centenares de cañas erguidas y curvadas en los extremos que alcanzan una altura de 30 metros. El Tacuaruzú florece una sola vez en la vida, la floración se produce cada 25 a 30 años, haciéndolo todas las tacuaras simultáneamente, que luego mueren luego de la fructificación. Sus semillas germinan rápidamente repoblándose la selva en pocos meses con nuevos cañaverales.

El estrato herbáceo, constituye el nivel inferior cubriendo el piso, abundando las gramíneas de hojas anchas , helechos y hierbas no leñosas entre las que se destacan las begonias , difundidas como plantas ornamentales de interior. Sobre el piso se acumula también abundante materia orgánica en descomposición dando lugar al desarrollo de hongos , musgos y líquenes .

Con la luz y la lluvia monopolizadas por los estratos superiores, varias plantas recurren a variadas estrategias para alcanzarlas. Las trepadoras por excelencia son las lianas , que enredándose o enganchándose a los árboles mediante garfios, llegan hasta las ramas superiores, de las que cuelgan como cuerdas, formando una maraña vegetal. Dan hojas y flores a cualquier altura, de colores fuertes y hermosas, por lo que muchas especies han sido adoptadas por la horticultura con fines ornamentales.

Una de las características más notorias de la selva es la proliferación de epífitas , plantas que han sacrificado todo contacto con el suelo y sus nutrientes en pro de un lugar al sol, en la copa de los árboles mayores. Usan a otras especies solo como apoyo, no son parásitas. Absorben la humedad del aire mediante de raíces aéreas. Entre las principales especies se encuentran las bromeliáceas, familia que incluye el ananá y muchas ornamentales, cuyas raíces sirven como agarre a troncos y ramas, con largas y angostas hojas, acanaladas para hacer correr el agua de lluvia hacia su centro, se desarrollan en roseta, con base envainada formando un receptáculo para contenerla. Estos estanques de altura tienen una fauna propia ya que son el hábitat exclusivo de algunos invertebrados, como mosquitos y hasta ranas cuyos renacuajos se desarrollan amparados de los predadores acuáticos. A esta familia pertenecen los Claveles de aire y los Caraguatás de flores amarillas, rosado y rojizas. Sus hojas son frecuentemente arrancadas por los monos Caí, que comen sus partes tiernas.

De las numerosas especies de epífitas, se destacan especialmente las orquídeas . Las orquídeas capturan la humedad atmosférica con sus raíces aéreas, que están envueltas en un tejido esponjoso de células muertas que las protege de la desecación y es en extremo absorbente. La mayoría tiene además un engrosamiento en la base de las hojas para almacenar nutrientes y humedad. Todas las orquídeas, ya sean que posean flores grandes o pequeñas y en espesos ramilletes, todas tienen formas exóticas para garantizar la polinización. El pétalo inferior más desarrollado, sirve de plataforma de aterrizaje para los numerosos insectos que son atraídos por sus fuertes fragancias. Un único estambre que se alza sobre el labio descarga una compacta masa de polen sobre la cabeza y espalda del insecto que acude para libar el néctar y que posteriormente transportará el polen hacia otro ejemplar. Cada orquídea produce una infinidad de semillas muy pequeñas que son fácilmente diseminadas por la brisa. La nueva planta no solo depende de la germinación, sino que para desarrollarse debe asociarse a una especie de hongo específico para cada especie de orquídea con el que mantendrá una relación simbiótica por la cual el hongo disfrutará de parte del azúcar sintetizado por la orquídea y ésta utilizará proteínas producidas por él. La selva misionera es muy prolifera en orquídeas, Sophoronitis coccinea que da brillantes flores anaranjadas, la Miltonia flavescens produce cascadas de flores amarillas en primavera, la Campylocentrum, está desprovista de hojas, solo tiene raíces y flores, la Brassavola perrini presenta pares de grandes flores blancas, la Flor de Patito del género Oncidium da ramilletes amarillos manchados de marrón, y muchas otras que contribuyen al embellecimiento de los árboles que las hospedan.

Las orquídeas, de alto valor ornamental sufre las depredaciones de coleccionistas, a punto tal que varias han sido puestas en peligro de extinción, requiriendo medidas especiales de protección, como la creación de reservas naturales. Otra epífita destacable es el Guembé, arácea de grandes hojas coriáceas lobuladas, de unos 80 centímetros de largo, con largas raíces, algunas de las cuales son colgantes y tienen como objeto nutrir a la planta, mientras que otras se extienden por los troncos fijándose por medio de zarcillos. Cuando las raíces alcanzan el suelo, penetran en él para proveer de nutrientes a la planta, permitiéndole un mayor desarrollo, en este caso como enredadera. También crece en el suelo emitiendo un tronco grueso y corto. Cuando las semillas del guembé son depositadas a través de los excrementos de animales en cavidades o grietas de árboles, aprovechando la humedad y la materia orgánica se desarrolla convirtiéndose en una epífita de gran porte usando a su huésped como sostén.