La Fauna misionera es muy rica y difícil de observar en su ambiente natural. Las principales especies son:

• Mono carayá: carayá en guaraní significa pícaro o curioso, también conocido como bramador, por su aullido parecido al tigre, vive en colonias. Los machos tienen pelaje negro y las hembras pelaje de color pardo.
• Mono Caí: hábil y curioso, es omnívoro, pero prefiere los tallos rojizos de las bromeliáceas. Vive en grupos entre los árboles.
• Tapir: es el animal de mayor tamaño que habita la selva paranaense, siendo también el mamífero terrestre más grande de Sudamérica. En estado adulto pesa unos 300 kilos, su cuerpo es macizo, su cuello musculoso y su gruesa piel, lo hacen apto para vivir en el estrato inferior. Presenta una corta trompa que prolonga su hocico, y que le permite asir hojas, brotes, frutas o ramas tiernas que quedarían fuera de su alcance. Vive en bosques y pantanos y tiene hábitos solitarios. Suele movilizarse utilizando senderos que ha abierto en la espesura y pasa largas horas sumergido en algún remanso para refrescarse o liberarse de parásitos e insectos y recurre al agua como vía de escape cuando se ve perseguido. Los recién nacidos presentan un pelaje con rayas blancas que los mimetiza en la espesura y desaparece a medida que crece. Carpincho: roedor de gran tamaño.
• Yacaré Ñato: mide hasta dos metros de longitud, tiene hábitos nocturnos, de día suele dormir expuesto al sol. Esta especie está en peligro de extinción, debido a su persecución Tamanduá u Oso hormiguero: se alimenta de termitas que atrapa con su larga lengua viscosa, es manso y dormilón, pero sabe defenderse echándose de espalda y abrazando con sus temibles garras, temidas incluso por el yaguareté. Pecarí: existen dos especies, el de collar y el labiado, ambos semejantes al jabalí.
• Coatí: llamado en quechua sacha-mono, es omnívoro. Las hembras adultas y los jóvenes de hasta dos años viven entre los árboles formando grupos bulliciosos de hábitos diurnos, mientras los machos viven en soledad y tienen hábitos nocturnos.

Entre los felinos, se destacan el puma , varios tipos de gato montés y el yaguareté, que puede llegar a medir dos metros y vivir 20 años, feroz y excelente cazador, se alimenta especialmente de carpinchos, tortugas y peces. El yaguarundí tiene un pelaje uniforme que va del rojizo al gris. Las características de la flora de Misiones favorecen el desarrollo de numerosas variedades de aves y mariposas.

• Tucanes y picaflores abundan en la zona selvática. Se pueden observar varias especies de picaflor, siendo las principales el picaflor copetón, picaflor amatista, mainumbí, picaflor de barbijo, y picaflor bronceado . Entre las aves, figuran algunas de aspecto impactante. El Tucán Grande, el mayor de la familia Ramphastidae, con su inmaculada pechera blanca y la punta de su gigantesco pico manchada de negro. El Tucán Rojo y Amarillo , que presenta dichos colores en su pecho y cuello, contrastando con su librea negra. Los grandes carpinteros de cresta roja y el pequeño y multicolor carpintero arcoiris. El Alma de Gato , cucúlido de color marrón rojizo y la Urraca común, de vientre color crema y su plumaje superior negro o azul violáceo que se desplaza por el bosque en grupos emitiendo ruidosas vocalizaciones. En las horas de calor es común observar a los lagartos.

Abundan las lagartijas y los lagartos overos, que alcanzan un metro y medio de longitud, desplazándose solemnemente con aspecto de dragón. Las especies más comunes de serpientes y culebras son la Yarará gris o urutú que habita el litoral, la mesopotamia y el centro del país, de veneno muy poderoso puede medir un metro de largo; la Serpiente de la Cruz , que llega a medir hasta dos metros de largo, con cabeza achatada con una cruz blanca, agresiva, irritable, es común encontrarla dentro de las viviendas. La yarará falsa o culebra ñata , se la puede encontrar en todo el país. La serpiente de Coral , cuyo veneno es muy poderoso, no es agresiva y el tamaño de sus colmillos no le permite atacar fácilmente al hombre, alcanza poco más de un metro y se caracteriza por su color negro con anillos rojos y amarillos. Existen también las falsas serpientes de coral, en apariencia similares a las serpientes de coral pero totalmente inofensivas. La Mussurana, de color azulado, es devoradora de yararás.