El clima en Misiones es cálido subtropical húmedo sin estación seca , por lo cual es la provincia más húmeda del país , las temperaturas oscilan alrededor de los 20 y 30 grados en los meses más cálidos  la temperatura media anual es de 24 °C. 

Los veranos presentan temperaturas constantemente elevadas, no cesan de ascender desde las primeras horas del día para culminar luego del mediodía con temperaturas superiores a los 30º C. Los inviernos son suaves y benignos, existiendo una escasa oscilación anual que se caracteriza por la falta de contrastes notables entre las cuatro estaciones del año. El alto grado de humedad del aire, que alcanza en Misiones uno de los valores más elevados del país, ocasiona una escasa oscilación diaria de la temperatura. Las lluvias anuales promedian los 1.700 milímetros, mostrando máximos en otoño y primavera y mínimos en verano e invierno. Las abundantes precipitaciones determinan que disminuyan las amplitudes de temperatura y aumente la nubosidad.

Las localidades de baja altitud del sector sur y de los valles del Paraná y el Uruguay poseen clima semitropical húmedo, en tanto a mayor altitud se presenta el clima tropical marítimo, un tipo climático similar al clima subtropical húmedo. Los vientos predominantes son del noreste, sudeste y este. El bioma que presenta es selva misionera y bosque en galería. Parte de la selva ha sido transformada por el hombre para cultivos o ganadería. El bioma original se encuentra protegido en el parque nacional Iguazú y otros parques y reservas provinciales.