Su nombre rinde homenaje a Leandro N. Alem, político argentino del siglo XIX, líder de la Revolución del Parque y fundador de la Unión Cívica Radical.

Los primeros pobladores se establecieron en 1904, pero más adelante, en el año 1915, se mensuraron los lotes agrícolas de aproximadamente 25 hectáreas cada uno. designándose a uno como Picada Mecking. El 26 de diciembre de 1926, el gobierno del Territorio de Misiones, el cuál todavía no estaba legalmente denominado como provincia, por decreto, se impuso el nombre de "Leandro N. Alem". 

Actualmente la mayoría de los habitantes de la provincia de Misiones se refieren a esta ciudad de una forma abreviada: "Alem", costumbre que ya está interesando a destacados vecinos de esta ciudad a impulsar un nuevo cambio de nombre, inspirados en la facilidad y claridad de la versión abreviada, se encuentran contactando con los representantes legislativos para sancionar una ley que habilite y formalice el cambio de nombre a "Alem" en las cuestiones oficiales.