En época prehispánica el territorio estaba habitado escasamente por los Comechingones los primeros españoles llegaron a la región en 1573, tras fundar la ciudad de Córdoba. Las tierras, buenas para el cultivo, fueron pobladas por ganaderos hasta que un siglo después todas las propiedades quedaron bajo el dominio del Convento de Santa Catalina.

A partir de 1750 el convento decide fraccionar el enorme latifundio, arrendando primero y vendiendo después, a numerosos compradores. Este fenómeno llamado "La Primera Colonización del Río Cuarto", produce un acelerado desarrollo económico-social.

En 1776, la región pasa a depender del Virreinato del Río de la Plata, y en consecuencia se reactivó el tráfico mercantil por los caminos que la cruzan. El comercio y las nuevas propiedades atraen a los aborígenes que habitan las pampas del sur ("araucanos", ranqueles), que comienzan el asedio sobre las estancias y caminos, arreando ganado y cautivando mujeres y niños.

Para defenderse de estos ataques, los españoles estructuraron la frontera de Río Cuarto, formada por tres fuertes principales y varios fortines intermedios. El fuerte de Santa Catalina, catorce leguas al sureste de la actual ciudad y complementariamente, en 1782, en la casa de Agustín de Balmaceda, se levantó un fortín del que fue nombrado comandante.

En 1784 asume el marqués de Sobremonte la gobernación- intendencia de Córdoba del Tucumán y ante los reiterados y graves daños que sufre la frontera del río Cuarto, adopta el criterio de reunir a los vecinos dispersos por los campos en población formal. El 11 de noviembre de 1786, después de reconocer personalmente el terreno, encontrándolo apto, ordena la formación de la Villa de la Concepción del Río Cuarto, comisionando para el reparto de solares al vecino Alberto Soria, a cuya vivienda hace trasladar del fortín anterior.

La ciudad de Río Cuarto en 1829  fue uno de los teatros de la lucha entre los federales y unitarios, tal lucha posibilitó que arreciaran los malones aborígenes y el lugar quedara casi despoblado de gente criolla.

A partir de 1880 se inicia el poblamiento masivo con inmigrantes procedentes principalmente de Italia y España que se establecieron como chacareros.

En 1883 se modificó el régimen municipal, determinándose que el Ejecutivo fuese desempeñado por un intendente electo.