Su origen como población de origen europeo se remonta al s XVII a partir de una estancia jesuítica nominada bajo la advocación de Jesús y de la Virgen María. En el tiempo colonial se fue desarrollando no solo como estancia de la Compañía de Jesús, sino como etapa de la carretera llamada Camino Real que comunicaba los puertos del Atlántico con las zonas mineras del Alto Perú.

La estancia Jesús María fue el segundo núcleo productivo del sistema creado por la Compañía de Jesús. Se construyó a partir de 1618 y se caracterizó por su producción vitivinícola, impulsada por el Padre Pedro de Oñate, quien se la compró a Gaspar de Quevedo, dueño de la Estancia Guanusacate. En la vieja bodega jesuítica se elaboraba el vino "lagrimilla de oro". La estancia incluye la iglesia, la residencia y la bodega, restos de antiguos molinos, perchel y tajamar. Desaparecieron la ranchería y los campos de cultivo y pastoreo. Construida alrededor de un patio central, cerrado en dos costados por un claustro de dos niveles, sobresale la edificación de arcos superpuestos.

La iglesia de nave única abovedada está dispuesta en forma de cruz latina. Frente al presbiterio, se encuentra la cúpula y sobresale en la construcción la espadaña de piedra junto a la sacristía.

En 1775, la estancia Jesús María, cuyas tierras se ubican en dos departamentos Totoral y Anejos Norte, son adquiridas por el señor Félix Correa de Larrea quedando, al morir este, para sus herederos hasta que en el año 1863, Pío León compra una gran parte de las mismas, ciudadano paraguayo que desde hace tiempo vive en la región y se casó con una cordobesa, Doña Saturnina Berrotarán. Ya en el año 1860, León se desempeña como autoridad en el departamento Totoral.

En 1868 se construye el ferrocarril de Córdoba a Tucumán, y que pasaba por la zona. Ante este hecho, Pío León decide lotear los terrenos para constituir la villa y para cumplimentar esta idea, encarga los trabajos correspondientes a la misma empresa que construye el ferrocarril: Telfener y CIA.

En septiembre de 1873 el loteo está listo y comienza a venderse de a cuatro lotes por manzana, momento en el que nace una nueva población en terrenos de la estancia Jesús María.Por Ordenanza Municipal se considera fecha de fundación el 28 de septiembre de 1873, día en el que Pio León eleva al Superior Gobierno de la Provincia los planos de la denominada "Villa Primera".Veinte meses después es inaugurado el primer tramo del ferrocarril, cuyo recorrido comienza en la Ciudad de Córdoba y culmina en Recreo, Santiago del Estero, con servicios regulares. Esto tiene lugar el 9 de mayo de 1875.En 1892 el Departamento Anejos Norte cambia de nombre por Departamento Colón y se declara Cabecera a Jesús María, dejandosé de llamar Villa Primera