A la llegada de los españoles, el Valle de Punilla presentaba una división política establecida por distintos asentamientos aborígenes, cuyos límites se delimitaban por Una de estas "provincias" se denominó "Camín Cosquín", origen del nombre de esta localidad.

En 1573, Jerónimo Luis de Cabrera decidió elegir para sí estas tierras, pero finalmente no pudo tomar posesión de las mismas.

Baltasar Gallegos, habiendo realizado un trueque por otras tierras, inició la que se llamaría "Estancia Cosquín".

Con el transcurso de los años la comarca pasó a manos de conocidos personajes como el Presbítero Duarte Quirós y María Josefa Bustos de Funes (madre del Deán Funes).

Es en el año 1830 que la tierra sufre una serie de subdivisiones, dando lugar al nacimiento de esta localidad. En 1876, Cosquín es nombrada villa mediante un decreto provincial.

El trazado original de la villa data de 1877 y ocupaba cincuenta manzanas con dos plazas. Lentamente, a principios de siglo se fue ocupando con casasquintas, surgiendo varios hoteles y hospedajes que, favorecidos por el clima benigno adecuado para el tratamiento de enfermedades de las vías respiratorias, la llevaron a constituirse en el primer centro-turís tico de la provincia.

Finalmente, en 1939 fue declarada ciudad, siendo la primer localidad punillense en obtener tal reconocimiento.

A partir de 1961 se realiza en la segunda quincena de enero el Festival Nacional de Folklore