Por la segunda mitad del siglo XVII, la Universidad de los hijos de Loyola difundía su prestigio en todo el continente americano. Sin embargo, no contaban todavía con un Seminario o Colegio Convictorio y la importante afluencia de jóvenes que llegaban a Córdoba para estudiar, motivó su creación.

En 1687, el presbítero Ignacio Duarte y Quiróz firmó la escritura de donación a favor de la Compañía de Jesús, por un total de bienes tasados en $38.354.-, entre los que se encontraba la Estancia de Caroya.

Después de varios años de intentos y tratativas, el Colegio Convictorio Nuestra Señora de Monserrat abrió el 6 de abril de 1693, ocupando la antigua casa de los Duarte. ésta constaba de un patio y siete habitaciones y fue agrandada a partir de nuevas donaciones, avanzando sobre la manzana hoy encerrada por las calles Obispo Trejo, 27 de Abril, Caseros y Av. Vélez Sársfield.

Los días en el Convictorio no se parecían a los de un colegio actual. Los primeros alumnos del Monserrat eran internados en él, llevando una vida de tipo conventual, con actividades y horarios rígidos, saliendo hasta las aulas de la Universidad para escuchar sus lecciones y pasando sus vacaciones en la Estancia de Caroya. Y, como al Monserrat y a su fundador Duarte y Quiróz les habían otorgado las armas del monarca, los alumnos fueron conocidos por reyunos o colegiales del rey.

Prontamente, sus instalaciones se vieron desbordadas por la gran afluencia de estudiantes y, a comienzos del siglo XVIII, se realizaron ampliaciones sobre la construcción original, la cual se llevó a un total de tres patios rodeados de habitaciones.

En el sótano del Monserrat, actual Museo Obispo Fray José Antonio de San Alberto, funcionó la segunda imprenta del territorio del Río de la Plata (la primera estaba en las misiones guaraníes). Esta imprenta constituyó un verdadero hito en la historia del Colegio y de los jesuitas en Córdoba que, sin embargo, tuvo muy corta vida porque desde sus primeras publicaciones, realizadas en 1766, hasta las últimas transcurrió sólo un año, hasta que la expulsión de la Orden obligó a cerrarla.

Luego de la expulsión, el Colegio Convictorio de Monserrat quedó bajo supervisión de la Junta de Temporalidades y la Orden de los Franciscanos se hizo cargo de la enseñanza.

En 1782, el por entonces obispo de Córdoba Fray José Antonio de San Alberto, promovió el traslado del colegio a la actual esquina de Trejo y Duarte y Quiróz, y reformuló sus estatutos para no dejar vestigios de la educación jesuita, conforme a la orden del Virrey Vértiz.

Los acontecimientos de 1810 en adelante, que signaron el destino de nuestra República fueron protagonizados por alumnos egresados del Monserrat: los doctores Juan José Castelli, Juan José Paso, Deán Gregorio Funes, Pedro Ignacio de Castro Barros, José Ignacio Gorriti y Eduardo Pérez Bulnes , entre otros.

Desde 1820 y por poco más de tres décadas, las direcciones tanto del Monserrat como de la Universidad , estuvieron a cargo de autoridades provinciales. Luego pasó a depender de la Nación a través de un decreto firmado en 1854 por Salvador María del Carril, vicepresidente de Urquiza y egresado del Monserrat.

Los cambios y transformaciones del escenario político nacional y provincial siguieron marcando el destino del Colegio y la Universidad.

Durante la presidencia de Domingo F. Sarmiento (1868-1874) y la del monserratense Nicolás Avellaneda (1874-1880), la ex Manzana Jesuítica experimentó un notable crecimiento con científicos y profesores provenientes del extranjero, que impulsaron fuertemente el desarrollo de las ciencias, creándose en 1869 la Academia Nacional de Ciencias.

En 1907, bajo la presidencia de otro egresado del Monserrat, José Figueroa Alcorta (1906-1910) el Monserrat volvió a incorporarse a la Universidad Nacional , institución a la que estuvo ligado desde su creaciónor la segunda mitad del siglo XVII, la Universidad de los hijos de Loyola difundía su prestigio en todo el continente americano. Sin embargo, no contaban todavía con un Seminario o Colegio Convictorio y la importante afluencia de jóvenes que llegaban a Córdoba para estudiar, motivó su creación.