En el sitio llamado Ongamira situado a unos 13 km de la actual Capilla del Monte, según relatan en los libros de historia y en las investigaciones, este escenario albergó a la cultura Ayampitín (hace más de 8.000 años), la misma que fue evolucionando hacia el año 200 d.C por los nuevos pobladores: los henia (Comechingones).

Durante el año 1574, los españoles llegaron a Córdoba, Cuando los hombres de origen español llegaron al territorio de Ongamira para explotar los minerales que allí había, los comechingones dieron batalla, y terminaron matando al líder de la tropa hispana, el capitán Blas de Rosales, uno de los primeros encomenderos y compañero del fundador de Córdoba Don Jerónimo Luis de Cabrera.2​

Un siglo después (es decir en el siglo XVI) llegaron los españoles quienes comenzaron a establecer sus dominios luego de la casi extinción de los nativos (comechinghones), el entonces gobernador de la Ciudad de Córdoba otorga a algunos de sus allegados estas tierras que habían "conquistado" entregando parcelas o estancias (merced), encomiendas y estancias, es a partir de una "merced" real dada al colonizador Bartolomé Jaimes (nacido en la localidad andaluza de Ayamonte). Este funda la estancia que originaría el actual núcleo poblacional. Jaimes crea en su estancia un oratorio cuya denominación fue la de Estancia de San Antonio de la Capilla del Monte. El oratorio se transformó en Capilla del Monte, era un pequeño edificio que al estar sobre una colina se hizo conocido como La Capilla del Monte. Desde esa época y hasta fines del s XIX, la localidad no pasó de ser una aldea casi aislada constituida por ranchos, a finales del s XIX y en gran medida debido a la actividad de Adolfo Döring el sitio comenzó a ser atractivo para la gente adinerada de la ciudad de Córdoba que edificó varios grandes e interesantes caserones.

En el último cuarto de siglo XX, merced al muy agradable clima y a los paisajes gran cantidad de argentinos amantes naturaleza se radicaron en Capilla del Monte que de este modo vio duplicada su población. Cuenta con un pequeño número de extranjeros (no censados) que ha incursionado al lugar por sus condiciones climáticas y calidad de vida en relación con la naturaleza.