El 27 de septiembre de 1826 el entonces presidente de la Nación, Bernardino Rivadavia, emite un decreto en el que ordena establecer tres fuertes con el fin de ampliar la línea de frontera. Uno de estos tres fuertes era el de El Potroso y en Agosto de 1827, se designa a Juan Manuel de Rosas para que ocupe el puesto de Comandante General de Fronteras. El trazado del fuerte de El Potroso queda en manos del ingeniero Teodoro Schuster, quien recomienda no levantar el fortín en el Cerrito Colorado, tal como estaba previsto, sino hacerlo a 21 cuadras de ese lugar, en la margen izquierda del río Salado.
En 1829 se produce en el fuerte un levantamiento encabezado por dos caudillos del lugar. La sublevación es contenida gracias al accionar del soldado Isidoro Suárez, quien en 1824 había participado en la batalla de Junín por la libertad de Perú. En homenaje a su labor en la defensa del fuerte se cambia el nombre Fuerte de la Federación y se lo comienza a llamar Junín. El año 1830 encuentra prácticamente abandonado y despoblado al fuerte. Muchos de los ranchos están totalmente destruidos a causa del tiempo y de los frecuentes ataques de los indios.
Durante el gobierno de Rosas, el comandante José Seguí se hace cargo del fuerte. Seguí era un africano que había llegado al país integrando un contingente de esclavos. Se une luego al ejército y se destaca en algunas acciones. Perseguidor tenaz de indios y servidor fiel de Rosas, fue muy severo durante los 12 años que duró su mandato. En 1863, su cuerpo fue hallado totalmente destrozado en el campo que Rosas le había regalado.
En 1852, año en el que cae el régimen rosista, el Fuerte de la Federación retoma nuevamente el nombre de Junín y la situación es preocupante. Ya no está Rosas para negociar con los indios. Repetidos malones arrasan el fuerte y obligan a sus pobladores a buscar asilo y protección en el interior. Para esta época no había ni cura ni médico. No había escuela ni iglesia y los soldados carecen de las armas necesarias y de una alimentación adecuada.
Todo comienza prácticamente de cero cuando en 1857 se establece el nuevo trazado del pueblo: la calle principal, hoy 20 de septiembre, y las transversales, las manzanas para las casas de los habitantes, la iglesia, el cuartel de las tropas, la escuela, la plaza de la guardia, la pulpería. Y el 23 de marzo de 1861 se inicia en Junín el régimen municipal con 4 municipales, hoy concejales. Un año antes, nacía la casa Basterreix. Frente a la plaza del pueblo, esta casa de ramos generales y de acopio de cereales es hoy el edificio más viejo que existe en Junín.

Aunque en 1864 se crea el partido, un año después Junín era considerado un pequeño pueblito por el gobierno, tal como lo consignan los documentos históricos. Cuenta para ese entonces con 1929 habitantes (diseminados en las chacras y las estancias de la región), y 33 ranchos. Los registros dicen : "El pueblito es un puesto militar compuesto por 33 casas, algunos ranchos, 886 habitantes, cuartel y escuela con 90 alumnos".

Pasa el tiempo y Junín crece. Se establece el alumbrado público con faroles alimentados a kerosene, se instalan árboles en la plaza principal, se construye el Cementerio Central, ya que en un primer momento se encontraba donde está hoy la plaza Alem. Llegan pobladores a la zona, atraídos por un motivo fundamentalmente : los malones indios, luego de la campaña al desierto iniciada por Roca, ya no constituían un peligro para los asentamientos. Al haber más pobladores, nace la necesidad de comunicación. Surgen las llamadas mensajerías que unen a Junín con los pueblos de Chacabuco, llamada Guardia Nacional, y Chivilcoy.

A pesar del crecimiento que empieza a despuntar en Junín, es el ferrocarril el que marca un antes y un después en la historia del progreso y el desarrollo de la ciudad. El primer tren, del ramal Ferrocarril Central Argentino, llega en 1880. Sale de la ciudad de Luján y terminaba en Pergamino, donde se abrían dos ramales, uno se dirigía hacia San Nicolás y otro a Junín, cuya estación estaba en lo que es hoy la estación de ómnibus.

Las vías corrían por la actual avenida San Martín. Como hacía en todas las ciudades en las que tenía estación, el Central levanta un paredón a lo largo de la calle que hoy se conoce como 25 de Mayo, desde Cabrera hasta Alberdi, donde había dos pasos a niveles.

En 1884 llega el ramal Buenos Aires al Pacífico, y dos años después los talleres ferroviarios. Entre el paredón y las vías del nuevo ramal nace el Pueblo Nuevo donde se ubican los habitantes ingleses que tenían a su cargo a la organización y administración de los ferrocarriles. Vestigios de su paso son el Colegio de San Marcos, el edificio de la administración, el templo metodista.

Una importante oleada de pobladores se radican en Junín, muchos de ellos inmigrantes, en su mayoría españoles e italianos que venían al país atraídos por las leyes inmigratorias dictadas durante el gobierno de Julio A. Roca. La cantidad de habitantes crece vertiginosamente.

Antes de 1880, la población no llegaba 2000 personas. En 1895, el censo establece que en Junín hay aproximadamente 12.500 habitantes, contando los que se encuentran en la zona rural y estaciones que, como Morse y Roca, que comienzan a nacer en la región.

Con el nuevo ramal se produce el loteo de la zona que se llamó Tierra del Fuego, hoy Barrio Belgrano. Allí se ubicaron muchos de los nuevos habitantes, trabajadores de los hoy desaparecidos talleres ferroviarios.

Otro fenómeno se produjo con la llegada de los ramales. Junín quedó dividido en tres pueblos muy poco comunicados: el Pueblo Viejo, al norte del paredón, el Pueblo Nuevo, entre el paredón y las vías del Buenos Aires al Pacífico, y Tierra del Fuego. Por este motivo cuando en 1912 el paredón es destruido gracias a las pedidos de los vecinos del lugar, no hay tres Junín, sino dos, que aún hoy continúan separados por las vías del ferrocarril.

En 1937 y debido a la crisis del '30, el Central Argentino y el Buenos Aires al Pacífico se fusionan. Ya no era necesario que existieran dos estaciones para un mismo ramal, y las vías y la estación del Central desaparecen.

Por la importancia que comienza a adquirir Junín, en 1892 una sucursal del Banco Nación abre sus puertas frente a la plaza principal. Diez años después lo hace el Banco Provincia. Y en esa mismo época nacen para el ocio y el entretenimiento de los pobladores la confitería 9 de Julio y el Teatro Italiano.

El Palacio Municipal, tal cual hoy lo conocemos, se construye en 1904. Junín había crecido mucho. En los talleres ferroviarios trabajaban para 1906, 1607 obreros, dependiendo de ellos 6000 personas. Por ello Junín es declarado ciudad en el año 1906.